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La quantité de données traitées dans le contexte clinique est en constante augmentation et nécessite donc des routines et des algorithmes automatisés qui permettent un traitement et une analyse efficaces. Depuis la création des Clinical Trial Units (CTUs) dans les hôpitaux suisses à la fin des années 2000, chaque CTU a développé ces méthodes individuellement. Grâce aux plateformes de la SCTO, les compétences et l'expérience des différentes CTUs sont maintenant combinées et les méthodes sont standardisées.

Les membres des plateformes Statistics and Methodology et Data Management ont travaillé conjointement pour développer une solution, qui s'est déroulée en trois étapes: tout d'abord, les solutions de traitement des données dans l'environnement R-Statistics ont été consolidées dans l'ensemble du Réseau CTU. Ils ont ensuite développé un paquet R pour le traitement des données du système de gestion des données cliniques secuTrial® (CDMS) et ont rendu ce paquet accessible au public lors de la troisième étape.

R est un langage de programmation spécialement développé pour les statistiques, qui a pris une importance croissante depuis sa première apparition au milieu des années 1990. Sa vaste communauté de logiciels libres et sa structure facile à utiliser en font un outil idéal pour les gestionnaires de données et les statisticiens du réseau CTU.

Le package de statistiques R, désormais accessible au public, simplifie le travail à l’aide des exportations de données secuTrial®. Il facilite le chargement des données et la conversion des variables dans des formats plus adaptés à l'analyse. Il comprend également des fonctionnalités pour les analyses descriptives (par exemple, le recrutement des études, la complétude des données).

Le package de statistiques R secuTrialR est disponible sous Comprehensive R Archive Network (CRAN), GitHub, and Anaconda Cloud. En outre, une publication sur le développement de secuTrialR a été publiée dans The Journals of Open Source Software.

Liens:

• secuTrialR: Seamless interaction with clinical trial databases in R, publié le 20 novembre 2020 dans The Journal of Open Source Software par Wright et al.
• secuTrialR: An R package to handle data from the clinical data management system (CDMS) secuTrial
• secuTrialR package via CRAN
• secuTrialR package via GitHub
• secuTrialR package via Anaconda Cloud

Au cours des dernières décennies, des progrès sans précédent ont permis aux chercheurs de recueillir une quantité énorme de données scientifiques et cliniques. Cependant, ce n’est que si chaque information est traitée avec rigueur et précision qu’elle peut mener à d’excellentes recherches. Les pratiques en matière de données doivent être documentées de manière professionnelle, transparente et doivent surtout être reproductibles.

Dans le domaine de la recherche clinique, les expert-e-s en gestion des données fournissent l’infrastructure et le savoir-faire nécessaires pour exploiter des bases de données à moindre coût mais de haute qualité. Ces expert-e-s contribuent à garantir que les données collectées peuvent être consultées et traitées de manière efficace, en conformité avec la loi, et qu’elles sont en phase avec les objectifs de recherche initiaux. Les données des études doivent être conformes aux bonnes pratiques cliniques («Good Clinical Practice»), à la Loi suisse relative à la recherche sur l’être humain, aux considérations juridiques et éthiques et aux réglementations internationales.

Grâce au soutien de leurs collègues responsables de la gestion des données, les chercheurs peuvent créer des bases de données qui non seulement répondent à leurs besoins en recherche, mais qui résistent aussi aux contrôles et permettent la production régulière de rapports, le nettoyage des données ainsi que la validation automatique.